右クリックで頂点をつまんで別の頂点の近くに持って行って左クリックしたとき、頂点を自動的に結合するモードだ。
このチェックが入っていないと、いくら近くに持って行っても、頂点は位置が変わるだけで離れたままだ。

追記
うまくMergeされないので調べてみたら、こうなっていた。

閾値が1umとか、相当近づけないとMergeされない設定になっていたのが原因だったようだ。
閾値を大きくし過ぎれば、近めのVertexはみんな結合されてしまうわけで、なかなか設定が微妙だ。
Vertex Snapping「Blender v2.78 Vertex Snapping」の方が便利かもしれない。

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