システム・ドライブのCHKDSKは起動時にしか行えないので、その場で実行状況を目視することができない。
結果はログとして記録されているので、チェックが済んでOSが起動した後に確認することになる。
Windows 7 Pro 64BITの場合は以下の手順、他の環境でも同じかどうかは知らない。

コンピュータを右クリックして、出てきた一覧から「管理」を左クリックする。

システム ツール＞イベント ビューアー＞Windows ログ＞アプリケーション とたどっていき、ソース欄に「Wininit」と書いてあるものをクリックする。

下の方にCHKDSKのログが表示されるので、これを確認する。