まずは Object Mode での操作。
左クリックでカーソルを Bone の始点の位置に移動させてから、[Shift] + [A] で Armature を追加する。

作成した Bone が選択されたままの状態で Edit Mode に移動し、終点の位置を決めてから [E] を押してマウスを移動させると、

次の Bone が生えるので、マウスで位置を決めて左クリックで決定する。

Object Modeに戻り[Shift]キーを押しながら、マウスの右クリック([RM])で、Object、Armaturの順に選択しておいてから、

[Ctrl] + [P] で With Automatic Weights を選択する。

これで一応はObjectとBoneに関連がつけられたが、まだVertex Groupsの再調整が必要となる。

そのために、まずBoneの名前を表示させておく。

それぞれのBoneに正しいVertexを割り当てる操作を行う。
Edit Mode で Vertex Groups で Bone を選択し、割り当てたい Vertex を選んでから Assign をクリックする。
Select と Deselect をクリックして正しく割り当てられたか確認するといい。
割り当ての解除は Remove をクリックする。

ここまでできたら、Bone を選択してから Pose Mode に入って、ポーズをつければ反映されるはず。

追記(2014/10/13)
2.66a の環境で書いて、最後の方が書きかけだったので、2.72の環境で確認しながら一応完結させた。