Auto Mergeが今一つうまく使えないので、使い方を調べていたら、Vertex Snappingというそれらしき名前の機能を見つけた。
こちらはすぐに使えたので書いておく。
[Ctrl] + [Shift] + [Tab] で Vertex Snappingモードに入る。
Vertexを右クリックでつまんで移動しながら[Ctrl]を押したままにすると、別のVertexに近づいたところで吸いつく。
目的のVertexに吸い付いたところで左クリックで決定される。
ついでに、なぜAuto Mergeがなぜうまくいかなかったかもわかった。
閾値が1umとか、相当近づけないとMergeされない設定になっていたわけだ。
追記
こちらから設定することも出来る。