Auto Mergeが今一つうまく使えないので、使い方を調べていたら、Vertex Snappingというそれらしき名前の機能を見つけた。
こちらはすぐに使えたので書いておく。

[Ctrl] + [Shift] + [Tab] で Vertex Snappingモードに入る。

Vertexを右クリックでつまんで移動しながら[Ctrl]を押したままにすると、別のVertexに近づいたところで吸いつく。

目的のVertexに吸い付いたところで左クリックで決定される。

ついでに、なぜAuto Mergeがなぜうまくいかなかったかもわかった。

閾値が1umとか、相当近づけないとMergeされない設定になっていたわけだ。

追記
こちらから設定することも出来る。

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