ここで言う「Bevelが均等にかからない。」というのは、この下のようになってしまうこと。

下のようなのを「Bevelが均等にかかる。」と表現している。
正しい表現なのかはわからない。

原因は、拡大縮小を「Edit Mode」でやらずに「Object Mode」でやったことによる。
うまく言えないが、「Object Mode」での拡大縮小は見た目だけのもので、実際の各頂点の位置には反映されていない、ということだと思う。
「Ctrl + A」から「Scale」を行えば、「Object Mode」で行った拡大縮小が実際のデータに反映されるので、その後のBevelは均等にかかるようになる。